החקלאות הביודינמית נוסדה על ידי ד"ר רודולף שטיינר (1925-1861), מדען ופילוסוף אוסטרי, המוכר גם כמייסד את החינוך האנתרופוסופי ולדורף. באמצעות המחקר שלו הצליח שטיינר לפתח הבנה, כיצד משפיעות האיכויות הקוסמיות על בריאותם וגדילתם של צמחים ובעלי חיים, ובעיקר על פוריות הקרקע. בשנות ה-20 באירופה, השימוש בכימיקלים בחקלאות גרם לדאגה רבה אצל כמה חקלאים ומדעני קרקע, במיוחד בהתייחס להשפעות על פוריות הזרעים, על ירידה באיכות המזון ובעיות הקשורות לבריאות הן בחיות והן בגידולים חקלאיים. בשנת 1924 לבקשת מספר חקלאים, נתן שטיינר סדרה של שמונה הרצאות הידועות היום כקורס לחקלאות ביודינמית. זו הייתה לידתה של החקלאות הביודינמית. במהלך סדרת הרצאות זו, נתן שטיינר הנחיות לייצור מספר תכשירים לשימוש בחקלאות, המכונים: פרפרטים ביודינמים. בנוסף הוא נתן הנחיות לשתילה, טיפוח וקטיף בהתבסס על מחזורי השמש, הירח, כוכבי הלכת והזודיאק.
כאשר ניגשים לחקלאות הביודינמית נדרשת נקודת מבט שונה מהרגיל. הן בגישות ה"כימיות הקונבנציונליות" והן בגישות ה"אורגניות" לחקלאות, נוטים לחשוב במונחים של חומרים, או ליתר דיוק, ביחידות כימיות כמותיות שיש לספק לגידול כזה או אחר. לדוגמה, בחקלאות המבוססת על כימיקלים מספקים יחידות חנקן לשטח באמצעות אמוניה, או אוריאה בהתאם לסוג הגידול, בחקלאות אורגנית מספקים חנקן באמצעות זבל, או קומפוסט. לעומת זאת, בחקלאות הביודינמית החשיבה היא פחות כמותית, אלא יותר איכותית. באמצעות העבודה עם הפרפרטים הביודינמים, שאפשר לראות בהם כתמציות הומאופתיות, מתחוללת תמורה בקרקע הפועלת לבניית קרקע מאוזנת. אחרי 4-3 שנים של הסבה (נכונה) של הקרקע לביודינמית, האלמנטים ה"כימיים" השונים שאמורים להיות בה, יוכלו להופיע בקרקע בצורה מאוזנת.
מנקודת המבט של החקלאות הביודינמית, כדור הארץ הוא ישות חיה הנמצאת במערכת יחסים דינמית עם הקוסמוס. כאשר חושבים על הצמח הוא גדל כמובן על האדמה, אבל ללא אור השמש לא יוכל להתפתח. בחקלאות הביודינמית נלקחים בחשבון גם גרמי השמיים האחרים. על מנת לעבוד ביעילות בחקלאות ובגינון, על המגדל להביא בחשבון איכויות אלו תוך כדי עבודה עם הקרקע, הצמחים ובעלי החיים. לאבותינו הקדומים הייתה הבנה מולדת של התלות ההדדית של כל החיים. הם תרגלו באופן אינסטינקטיבי שיטות חקלאיות שהחקלאות הביודינמית מבקשת להביא להבנה מודעת ולשימוש פעיל בחקלאות ובגינון כיום. במהלך העידן התעשייתי, רכשנו שליטה רבה על ההיבטים הפיזיים של החיים והקדשנו פחות ופחות תשומת לב לאיכויות שמביאות חיוניות לטבע. התוצאה בחקלאות הייתה חוות בקנה מידה גדול ועסקים חקלאיים המתמקדים במניפולציות גנטיות בצמחים ובבעלי חיים כדי לעמוד ביעדים של הגדלת ייצור המזון והרווחים. החקלאות הביודינמית מספקת דרך חלופית ובת קיימא להביא ריפוי לכדור הארץ ובריאות לכל היצורים החיים.
