החקלאות הביודינמית נוסדה על ידי ד"ר רודולף שטיינר (1925-1861), מדען ופילוסוף אוסטרי,
המוכר גם כמייסד את החינוך האנתרופוסופי ולדורף. באמצעות המחקר שלו הצליח שטיינר
לפתח הבנה, כיצד משפיעות האיכויות הקוסמיות על בריאותם וגדילתם של צמחים ובעלי
חיים, ובעיקר על פוריות הקרקע.
בשנות ה-20 באירופה, השימוש בכימיקלים בחקלאות גרם לדאגה רבה אצל כמה חקלאים
ומדעני קרקע, במיוחד בהתייחס להשפעות על פוריות הזרעים, על ירידה באיכות המזון ובעיות
הקשורות לבריאות הן בחיות והן בגידולים חקלאיים. בשנת 1924 לבקשת מספר חקלאים, נתן
שטיינר סדרה של שמונה הרצאות הידועות היום כקורס לחקלאות ביודינמית. זו הייתה לידתה
של החקלאות הביודינמית. במהלך סדרת הרצאות זו, נתן שטיינר הנחיות לייצור מספר
תכשירים לשימוש בחקלאות, המכונים: פרפרטים ביודינמים. בנוסף הוא נתן הנחיות לשתילה,
טיפוח וקטיף בהתבסס על מחזורי השמש, הירח, כוכבי הלכת והזודיאק.